Der größte Unterschied ist erst mal der Anschluss, eine M.2 SSD wird direkt aufs Mainboard geschraubt, eine normale 2,5" SSD wird jedoch wie von Festplatten gewohnt vie Kabel angebunden.
Bei M.2 SSDs gibt es generell zwei Typen, zum einen NVMe, diese sind deutlich schneller als normale SATA SSDs und eben SATA SSDs in der M.2 Bauform.
Wenn sich der Aufpreis zu einer NVMe SSD in Grenzen hält, kann es sich lohnen, in den meisten Fällen gibt es jedoch keinen wirklich spürbaren Unterschied zwischen den beiden Techniken.