Ich hatte ein ähnliches Problem nachdem ich auf meinem Stick memtest86 aufgespielt habe. Ich hatte von meinen 32 GB nurnoch ein paar MB übrig.
Bei mir hat folgender CMD-Aufruf geholfen:
-Diskpart [Enter]
-list dis [Enter]
USB Stick ausfindig machen (z. B. Disk 2)
sel dis 2 [Enter]
clean...